KSeF, tak jak każdy system informatyczny, może być narażony na różnego rodzaju ataki, w związku z czym istnieje wiele wyzwań związanych z bezpieczeństwem danych zamieszczanych w KSeF. Warto podkreślić, że KSeF to nie jedyny system do wymiany faktur ustrukturyzowanych. Równolegle działa Platforma Elektronicznego Fakturowania (PEF), która obsługuje faktury wymieniane z instytucjami budżetowymi.
Jednym z zagrożeń dla KSeF są na pewno ataki hakerskie i wycieki danych. KSeF gromadzi bowiem wrażliwe dane, co czyni go atrakcyjnym celem dla hakerów. W przypadku wycieku danych, możliwe konsekwencje to naruszenie prywatności przedsiębiorców i ich klientów oraz potencjalne straty finansowe. System ma być jednak chroniony wieloetapowymi mechanizmami uwierzytelniania i certyfikatami bezpieczeństwa SSL, lecz nawet najbardziej zaawansowane zabezpieczenia nie eliminują w pełni ryzyka ataków.
Innym ryzykiem są występujące awarie systemu i przeciążenia. Systemy informatyczne, w tym KSeF, mogą być narażone na przeciążenia lub awarie techniczne, które mogą prowadzić do utrudnień w korzystaniu z platformy. W tym wypadku jednak ustawodawca reguluje wprost kwestie dotyczące tego, w jaki sposób wystawiać faktury w przypadku awarii KSeF i jak działać w trybie ,,offline”.
Jeszcze inne zagrożenie to różnego rodzaju błędy ludzkie. Użytkownicy KSeF mogą popełniać błędy, takie jak nieprawidłowe wprowadzanie danych czy niewłaściwe zarządzanie uprawnieniami. Dlatego kluczowe jest przeszkolenie pracowników w zakresie obsługi systemu. Ponadto, chociaż KSeF umożliwia dostęp tylko uprawnionym użytkownikom, istnieje ryzyko, że osoby trzecie uzyskają dostęp w wyniku naruszenia procedur w firmie lub ataku z użyciem socjotechniki. To wymaga wprowadzenia odpowiednich zabezpieczeń, a także poniesienia z tego tytułu różnego rodzaju kosztów.
KseF, tak jak każdy system informatyczny, może być podatny na błędy. Szczególną uwagę należy zwrócić na pomyłki związane z przetwarzaniem danych, które mogą skutkować wystawieniem faktur zawierających nieprawidłowe informacje. Przykładem błędów mogą być choćby: niewłaściwy numer NIP kontrahenta, błędna data sprzedaży lub termin płatności czy też nieprawidłowa kwota podatku VAT. Takie nieprawidłowości mogą wynikać z problemów technicznych podczas przesyłania danych, np. awarii serwera lub problemów z integracją z innymi systemami księgowymi. KSeF jednak weryfikuje takie dokumenty – stąd faktura niespełniająca wymagań logicznego wzoru e-faktury zostaje odrzucona przez system.
System KSeF sprawdza wtedy czy struktura faktury jest zgodna z obowiązującym wzorem logicznym. Faktura z błędami zostaje od razu odrzucona, co zapobiega dalszemu przetwarzaniu wadliwych danych. Dodatkowo system KSeF jest regularnie monitorowany i aktualizowany, aby ograniczać występowanie błędów technicznych.