Faktura elektroniczna to e-faktura stosowana w obrocie gospodarczym, która zapisana jest w rożnych formatach takich jak PDF, CSV czy też XML (albo po prostu w formie skanu faktury papierowej). Natomiast w systemie Krajowego Systemu e-Faktur obecna jest faktura ustrukturyzowana, czyli dokument wystawiany i przesyłany w formacie XML za pośrednictwem KSeF. Jest to jednolity standard fakturowania, którego kluczowym elementem jest przypisanie każdej fakturze unikalnego numeru identyfikacyjnego w systemie.
System KSeF został wprowadzony w celu ujednolicenia zasad wystawiania i przechowywania faktur, poprawy bezpieczeństwa obrotu gospodarczego, a także zwiększenia automatyzacji procesów księgowych. Jedynym dopuszczalnym formatem w tym systemie będą pliki XML. Nie będzie można do niego przesyłać faktur elektronicznych np. w formacie PDF, bowiem faktury ustrukturyzowane muszą spełniać odpowiednie warunki wskazane w przepisach.
Jej treść opiera się na jednolitej strukturze logicznej, która została opracowana w celu standaryzacji i uproszczenia procesów fakturowania oraz wymiany danych między przedsiębiorstwami. Każda faktura przesłana do systemu KSeF otrzymuje unikalny numer KSeF, który automatycznie ją identyfikuje. Numer ten znacząco ułatwia zarządzanie dokumentacją, ponieważ pozwala na łatwe odnalezienie konkretnej faktury w systemie.
Wzór oraz szczegółowa struktura faktury ustrukturyzowanej są dostępne w Centralnym Repozytorium Wzorów Dokumentów Elektronicznych (CRWDE), które można znaleźć na platformie ePUAP. Przedsiębiorcy i dostawcy oprogramowania mogą korzystać z tego repozytorium, aby dostosować swoje systemy do wymagań KSeF. W listopadzie 2024 roku Ministerstwo Finansów wprowadziło do konsultacji nową strukturę logiczną faktury FA(3), która uwzględnia postulaty zgłaszane przez przedsiębiorców oraz dostawców oprogramowania.
Projekt tej schemy obejmuje m.in. modyfikację wskazywania terminu płatności – uproszczono w niej sposób deklarowania terminów płatności w fakturach. Dodano przy tym obowiązek oznaczania faktur dla jednostek samorządu terytorialnego (JST) w celu zapewnienia lepszego dostępu do dokumentów ich podmiotom podległym. Nadto, nowy węzeł „Załącznik” umożliwia dołączanie dodatkowych informacji (np. szczegółowego rozliczenia zużycia energii lub usług telekomunikacyjnych), co odpowiada potrzebom specyficznych branż. W ramach projektu wprowadzono również przypisywanie uprawnień do KSeF na poziomie pracowników, co zwiększa elastyczność w zarządzaniu dokumentami.