Ponadto, wprowadzenie obowiązkowego KSeF wzbudza poważne wątpliwości w zakresie ustalenia daty wystawienia faktury, co jest szczególnie istotne dla branży budowlanej, gdzie precyzyjne określenie momentu powstania obowiązku podatkowego ma kluczowe znaczenie. Projekt nowelizacji ustawy o VAT, przyjęty przez rząd, zakłada, że za datę wystawienia faktury ustrukturyzowanej uznaje się datę jej wygenerowania w systemie finansowo-księgowym, czyli wartość wpisaną w pole P_1 faktury. Taki kierunek interpretacyjny wydaje się korzystny, jednak nie zmienia to faktu, że obowiązujący art. 106na ust. 1 ustawy o VAT wciąż utożsamia datę wystawienia faktury z chwilą jej przesłania do KSeF.
Ta niespójność przepisów prowadzi do zamieszania i stwarza poważne ryzyko interpretacyjne – w szczególności w przypadkach, gdy faktura wystawiona w trybie offline zostanie przesłana do systemu po terminie, co może skutkować nałożeniem sankcji. Eksperci apelują, aby ustawodawca jak najszybciej doprecyzował przepisy i wprowadził jednoznaczną regulację w tym zakresie, zwracając uwagę, że obecna konstrukcja może powodować trudności w ustalaniu momentu powstania obowiązku podatkowego, zwłaszcza przy fakturach korygujących i przy płatnościach zaliczkowych. W branży budowlanej, gdzie harmonogramy rozliczeń i etapowanie prac są powszechne, brak jasności co do daty wystawienia faktury może mieć realne, negatywne skutki – zarówno dla wykonawców, jak i inwestorów. Na obecnym etapie przyjmuje się zatem, że datą wystawienia faktury jest dzień jej zamieszczenia w systemie KSeF, ale należy mieć świadomość, że nadal wokół tego rozwiązania toczy się ożywiona dyskusja, co może oznaczać dalsze zmiany interpretacyjne lub legislacyjne w przyszłości.