Integracje KSeF w środowisku e-commerce wymagają współpracy pomiędzy kilkoma komponentami systemu sprzedaży. Przede wszystkim konieczne jest upewnienie się, że oprogramowanie sklepu – niezależnie czy jest to dedykowane rozwiązanie, czy platforma typu SaaS – umożliwia wygenerowanie faktury w strukturze logicznej wymaganej przez KSeF (format XML FA(3)). Następnie faktura taka musi zostać przesłana do systemu KSeF za pomocą interfejsu API. W przypadku platform typu open source, jak WooCommerce czy PrestaShop, najczęściej niezbędne będzie skorzystanie z gotowych modułów integracyjnych lub zlecenie przygotowania dedykowanej integracji.
W przypadku większych sklepów, które korzystają z systemów ERP lub własnych systemów magazynowo-sprzedażowych, konieczne może być wdrożenie bardziej zaawansowanych rozwiązań middleware – oprogramowania pośredniczącego, które zadba o poprawną komunikację między sklepem a KSeF, w tym o podpisywanie faktur, wysyłkę, odbieranie UPO (urzędowego potwierdzenia odbioru) oraz zarządzanie błędami.