Dla klientów biur rachunkowych wdrożenie KSeF często oznacza pełne powierzenie obsługi fakturowania zewnętrznemu partnerowi. To oznacza, że biuro rachunkowe przejmuje odpowiedzialność nie tylko za zaksięgowanie dokumentów, lecz także za ich prawidłowe wystawienie, wysłanie i monitorowanie statusu w systemie KSeF. Klient oczekuje nie tylko rozliczenia podatku VAT czy też dochodowego, ale także technicznej zgodności z formatem faktury ustrukturyzowanej.
Biuro rachunkowe musi więc zapewnić dostęp do systemów umożliwiających automatyczne generowanie i przesyłanie faktur, a także ustalić jasne procedury nadawania i zarządzania uprawnieniami w imieniu klienta. Konieczne jest przygotowanie pełnomocnictw w systemie e-Urząd Skarbowy oraz uzgodnienie zasad współpracy, w tym przekazywania danych źródłowych niezbędnych do wystawienia dokumentów zgodnych z KSeF.
Dodatkowo biura rachunkowe stają przed zadaniem edukowania swoich klientów. Nowe przepisy wymagają od przedsiębiorców podstawowej wiedzy o sposobie funkcjonowania systemu, ograniczeniach i terminach. Biuro rachunkowe staje się zatem także doradcą, który nie tylko realizuje obowiązki techniczne, ale również tłumaczy klientowi, jakie zmiany zachodzą w zakresie przepisów prawnych, jak odczytywać faktury ustrukturyzowane i jak korzystać z portalu KSeF we własnym zakresie – jeśli zajdzie taka potrzeba. Oznacza to więcej kontaktu z klientem, więcej dokumentacji i konieczność bieżącej komunikacji, by zapobiegać błędom i opóźnieniom.