Pierwszy z nich, czyli PDF to popularny format w tradycyjnej wymianie faktur elektronicznych. PDF jest czytelny dla użytkowników i można go łatwo przesłać e-mailem. Może być wzbogacony o wizualną formę faktury, która odpowiada standardowym oczekiwaniom odbiorcy. Format PDF jest jednym z najpopularniejszych formatów faktur elektronicznych w obrocie gospodarczym. Faktura w formacie PDF może być wysyłana za pośrednictwem e-maila lub przesyłana za pomocą aplikacji mobilnych, jak potwierdza interpretacja Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 19 czerwca 2018 r. (sygn. 0115-KDIT1-3.4012.227.2018.2.APR). W tej interpretacji stwierdzono, że faktura wysłana w formie PDF za pomocą aplikacji mobilnej może być uznana za e-fakturę.
PDF ma jednak swoje wady - systemy księgowe nie są w stanie automatycznie przetwarzać zawartości pliku PDF. Ponadto, PDF nie spełnia przy tym wymagań KSeF – nie jest akceptowany jako format faktury ustrukturyzowanej w systemie. Istnieje przy nim też konieczność ręcznego wprowadzania danych lub wykorzystania technologii OCR (rozpoznawania tekstu), która bywa zawodna.
Druga opcja, czyli XML to jedyny akceptowalny format w KSeF. Jak zostało wspomniane, charakteryzuje go ustrukturyzowana forma – dane są w pełni zrozumiałe dla systemów automatyzujących procesy księgowe. Zapewnia on też zgodność z wymogami prawnymi i standardami KSeF i posiada możliwość integracji z ERP – faktury XML można bezpośrednio wczytać do systemu księgowego, eliminując ręczne wprowadzanie. Ma on przy tym także swoje wady – np. brak wizualnej reprezentacji faktury. Dokument XML jest trudny do odczytania bez odpowiednich narzędzi wizualizacyjnych. Jednakże, struktura FA(2), która jest obecnie obowiązująca, zapewnia, że faktura zawiera wszystkie niezbędne dane w określonej formie, co pozwala na automatyczne przesyłanie i weryfikację faktur.
Trzeci wariant, tzn. skanowanie odnosi się do digitalizacji faktur papierowych poprzez zapisanie ich w formie obrazów lub plików PDF. W tym wypadku istnieje możliwość archiwizacji papierowych dokumentów w formie cyfrowej, a skan może być czytelny wizualnie dla człowieka. Jego wadą jest jednak brak struktury danych – faktury w formie obrazów nie nadają się do automatycznego przetwarzania. Istnieje przy tym wysokie ryzyko błędów przy ręcznym wprowadzaniu danych, a sam skan nie jest akceptowany przez KSeF jako format e-Faktury.
Skanowanie faktur papierowych jest zatem alternatywą dla faktury elektronicznej, jednak z punktu widzenia KSeF nie spełnia wymagań dla faktury ustrukturyzowanej. Skan faktury papierowej (np. w formacie PDF) może być użyty do celów archiwalnych, ale nie stanowi prawnej wersji faktury przesyłanej w systemie KSeF.